При включении компьютера в момент загрузки ОС из колонок раздаётся резкий щелчок, довольно громкий. С чем связана эта проблема? Как её решить? (дополнительная информация: чип на звук от VIA, стоит две ОС в обеих одна и та же проблема.)

У меня на старом ПК было так же. Это такая косячная материнская плата.
При инициализации звука операционкой такое происходит.

А как быть? Мать то вот купил. Может BIOS обновить?

это аппаратная проблема, т.е. никакие обновления не помогут (ни BIOS'а ни ОС). как вариант менять мать по гарантии. или отключить встроенную звуковуху и использовать обычную PCI.