Люди добрые, вот подскажите, что может быть причиной следующего:
работает система стабильно, винты дефрагментированы, Windows свежая, прямыми руками ставил. Но есть маленький минус: примерно раз в 20 минут компьютер начинает очень сильно думать в течение примерно секунд 20, так, что даже мышь перестает слушаться,ну а про приложения вообще речи нет.. в чём может быть причина?

Гость Вы правила читали? Опешите что стоит: мать, процессор, оператива, винт, какой софт юзаете, что в это время запущенно, а то ж нифига не понятно!

Мать Epox 775 сокет, П4 1500, 512 ОЗУ, 80 гб + 40 гб - оба барракуды, FX 5200, запущен стандартный набор: Nod32+Outpost+Mirc Никаких примочек типа StyleXP и прочей мишуры не ставлю принципиально. Вот впринципе и всё.

Советую прогнать проверку диска: пуск -> выполнить -> [color=#090]chkdsk C: /f[/color] , где C: - имя раздела, /f - исправление ошибок. Дело в том что возможно диск (скорее всего 40 имеет бэды, и натыкаясь на них компьютер "задумывается"). Или можно вообще отключить один диск (тот который громче шуршит).

А эти бэды можно чем-нибудь исправить?

Так они и исправяться, если запустишь с параметром [color=#090]/f[/color] - fix (исправление ошибок на диске).

А еще можно воспользоваться программой Process Explorer. И в момент очередного зависания смотреть что-же кушает процессор.

Возможно какой-то вирус.
Возможно какая-нибудь системная служба.
Возможно какая-нибудь программа, которая периодически запускается и что-то делает или с винчестером или просто вычисляет что-то.