можно ли обновлять windows через томкий интернет? если да то как??????

Можно и даже нужно.
Сайт обновлений находится тут: http://windowsupdate.tomsk.ru
На нем же можно и прочитать как настроить автоматическое обновление

не могу понять что делать и куда кидать файл для автоматического обновления.

файл надо сохранить к себе на диск и затем его запустить, нажав на него.

жми выполнить вот ето ftp://update.tomsk.ru/windowsupdate/wsu ... update.vbs
перезагружаеш, а потом вот ето ftp://update.tomsk.ru/windowsupdate/wsu ... update.vbs
перезагружаеш .... и в течении минут 15 начнет ставиться опдайт

А у меня чего-то вообще в окне автоматическое обновление ничего не активно, кроме справки.

Если вы не запускали скрипт с http://windowsupdate.tomsk.ru то значит служба обновления отключена и ее надо включить и поставить автозапуск.
Пуск - Панель управления - Администрирование - Службы - Автоматическое обновление.

Если запускали скрипт, то так и должно быть. служба запущена и работает.

Ну в службах обновление включено, но в Панель управления>>автоматическое обновление недоступны настройки (допустим поменять время обновления, устанавливать ли автоматически и.т.д)

если всё читать внимательно то всё обновляется

Настройки недоступны, поскольку скрипт от windowsupdate.tomsk.ru блокирует изменение настроек, но все настройки можно сделать, подправив сам скрипт.
Все вопросы по windowsupdate задавайте тут: http://sysadmin.tomsk.ru/index.php?showforum=17