Windoctor обнаружил такую проблему, а исправить ее не может...
"C:Program FilesCommon FilesInstallShieldProfessionalRunTime101Intel32DotNetInstaller.exe" не может получить доступ к файлу, "mscoree.dll."
Как такое лечить?

Это не страшно.
Это всего навсего означает, что файл mscoree.dll заблокирован для доступа, поскольку он используется в данный момент.
Хотя странно, что у вас оно запущено, поскольку mscoree.dll необходим для работы платформы .NET

А вообще WinDoctor у меня много ошибок не исправляет, но это вовсе не опасно.

У меня та же проблема, я воспользовался поиском файлов и не нашел его, кроме того перестали запускаться 16-битные приложения(не засек когда),и команда msconfig
Можно ли это исправить переустановкой ОС

Переустановкой Windows можн оисправить все что угодно.
Но лучше воспользоваться стандартной утилитой от Windows для востановления системных файлов sfc.
Запустите в командной строке (Выполнить) sfc /scannow.
Не забудьте предварительно вставить диск с установочным Windows.