Вопрос: Как сохранить все настройки, установленные дополнения, темы и прочее, чтобы после переустановки программы не приходилось скачивать, устанавливать и настраивать дополнения, расширения, темы и прочее снова?

Ответ: Можно использовать созданные для этого расширения (FEBE) или отдельные программы (MozBackup), но проще, быстрее и надёжнее всего сохранить содержимое папки профиля. После переустановки программы в новой системе достаточно будет скопировать содержимое старого профиля в папку с новым.
Важно: некоторые расширения могут хранить часть пользовательских данных (это может быть, например, почта, сохранённые в web-альбом страницы, сохранённые пользователем сессии и т. д.) вне папки профиля (как правило, такое поведение задаётся пользователем вручную). Убедитесь, что настройки этих расширений не изменялись или пользовательские данные также были сохранены!

ЗЫ глючить мозилу может вовсе не от флэша, а от установленных плагинов. допустим установили плагин, потом обновили мурзилу, а в новой версии плагин написанный васей пупкиным может и не работать, но мурзила его пытается загрузить - отсюда глюки висяки, тормоза, и куча ошибок. именно из-за этого я не использую мозилу. без плагинов она тоже самое что ИЕ, только шустрее, а с плагинами больше похожа на мерседес с двигателем от мопеда и колесами от кировца