Здравствуйте, проблема в следующем:
Автоматические обновления поступают из "внешки". Как сделать так, чтобы они поступали с "томского интернета".
Заходил на windowsupdate.tomsk.ru, там предлагают сначала скачать и выполнить файл setupwsusupdate.vbs, однако сделать это не представилось возможным, поскольу при попытке это сделать выдаётся сообщение об ошибке и перегрузке FTP сервера.

а не может ли это быть связанно с firewall(ом)???

Пробуйте другой сервер.
В Томске есть два:
http://wsus-data.tomsk.net
http://windowsupdate.tomsk.ru

у вас vista или XP?