Вообщем такое дело, у меня два жестких диска, один поделен на два раздела С и E а другой диск D. Так вот на диске С стоит Windows Я решил установить и на диск E Windows, но после установки и запуска Windows с диска E у меня пропадает диск D. Вопрос почему и как можно решить эту проблему?

Надо зайти: Правой кнопкой мыши по Мой компьютер -> Управление -> Управление дисками.
Должно быть как-то так:


Скорее всего, второй диск по каким-то причинам или не инициализирован, или ему не назначена буква.
В первом случае, надо щелкнуть на такой диск правой кнопкой мышки (в поле с номером диска - например, Диск 1) и выбрать "Инициализировать диск"
Во втором случае, надо выбрать раздел и выбрать "Изменить букву диска или путь к диску".

Если оба способа не помогли, то сделайте скриншот "Управление дисками" и опубликуйте его тут.

Все, спасибо диску была не назначена буква.
П.С Можно как то пере установить Windows без форматирования диска?

Конечно можно. Но не надо.
Windows обычно переустанавливают, когда имеются проблемы.
Если установить поверх (или просто переустановить, как это умеют Windows 8), то глобальные проблемы решатся. Зато система будет капитально захламлена старыми данными, что уж лучше установить всё с нуля, чем так.

Я рекомендую переустанавливать Windows с форматированием системного раздела.
Перед этим надо перенести все ваши файлы на другой диск.
Не забудьте скопировать полностью папку "C:\Users\<имя_вашего_пользователя>" (Windows Vista и старше) или"C:\Documents and Settings\<имя_вашего_пользователя>" (Windows XP и раньше). Потом можно будет перенести практически все настройки программ на новую Windows.